Cơ cấu tổ chức của Cục Kiểm soát thủ tục hành chính gồm:
1. Phòng Kiểm soát thủ tục hành chính khối kinh tế tổng hợp;
2. Phòng Kiểm soát thủ tục hành chính khối kinh tế ngành;
3. Phòng Kiểm soát thủ tục hành chính khối khoa giáo văn xã;
4. Phòng Kiểm soát thủ tục hành chính khối nội chính;
5. Văn phòng.